Organisées en phase de groupes, les qualifications sont ouvertes à toutes les associations membre de l'UEFA. Les premiers de chaque groupe et un nombre prédéfini de seconds, qui se départagent au meilleur de deux matches (aller-retour) de barrages, sont qualifiés pour la phase finale. Sept équipes au total sortent des phases de groupe pour rejoindre en phase finale l'équipe du pays organisateur.

Pour la phase finale, deux groupes de quatre sont tirés au sort. Les deux premiers de chaque groupe se rejoignent en demi-finales, qui se jouent à élimination directe. Les Championnats joués une année avant les Jeux Olympiques (par exemple en 2011 et 2015) servent également à déterminer quelles équipes seront qualifiées pour le tournoi olympique de football.

Règlement
Le règlement du Championnat d'Europe des moins de 21 ans de l'UEFA est initialement établi par l'administration de l'UEFA, qui le soumet ensuite à la Commission des équipes nationales de l'UEFA. Une fois approuvé par cette commission, le Comité exécutif de l'UEFA décide de sa ratification.

Pour pouvoir participer à l'édition 2013 du Championnat d'Europe des moins de 21 ans de l'UEFA, les joueurs doivent être nés le 1er janvier 1990 au plus tôt.