Le tirage au sort a été effectué par le président de la Commission du football chez les jeunes et les amateurs de l'UEFA Jim Boyce, assisté de Tom Thorpe, le capitaine de l'équipe d'Angleterre de la saison dernière.

Les 28 équipes – les 25 issues du tour de qualification ainsi que l'Espagne, la Serbie et la Turquie, qualifiés d'office pour le tour Élite grâce a leur coefficient ont été réparties en sept groupes de quatre. Les vainqueurs de chaque groupe du tour élite rejoindront le pays hôte, la Lituanie, pour la phase finale qui se déroulera du 20 juillet au 1er août 2013. Le tirage de la phase finale aura lieu le 14 juin.

Résultat du tirage
Groupe 1 (5-10 juin) : Autriche*, France, Bosnie-Herzégovine, Suède

Groupe 2 (6-11 juin) : Serbie*, République d'Irlande, Slovaquie, Suisse

Groupe 3 (4-9 juin) : Danemark, Portugal*, République tchèque, Bulgarie

Groupe 4 (5-10 juin) : Espagne (tenant du titre), Croatie, Pologne*, Grèce

Groupe 5 (5-10 juin) : Pays-Bas, Allemagne, Norvège*, Chypre

Groupe 6 (24-29 mai) : Écosse, Angleterre, Belgique*, Géorgie

Groupe 7 (22-27 mai) : Turquie, Ukraine, Russie*, Italie

*Hôtes