Après Raúl González, Iker Casillas et Fernando Torres lors des compétitions précédentes, c'était au tour de Juanfran de briller lors de l'EURO M19 2004, une nouvelle fois ponctué par le succès final de l'Espagne.

L'ailier n'était pas totalement inconnu : il avait déjà fait forte impression lors de la Coupe Méridien UEFA-CAF 2003, et avait été aperçu sur le banc du Real Madrid CF en UEFA Champions League games contre le FC Bayern München et l'AS Monaco FC. Mais c'est pour la grande compétition continentale, en Suisse, qu'il déploya tout son talent, aux côtés de Sergio Ramos et David Silva. Dans le premier match, gagné 3-0 face à l'Allemagne, il se révèle une menace constante, offrant l'ouverture du score à Víctor Casadesús sur l'un de ses coups francs. En deuxième journée, face à la Turquie, l'ailier donne la victoire aux siens 3-2, qualifiant du même coup l'Espagne en demi-finale.

Laissé au repos en troisième journée, Juanfran revient pour la demi-finale contre l'Ukraine à Lausanne. Il est remplacé en début de seconde période alors que son équipe mène 1-0 et assiste au retour des Ukrainiens, qui ne s'inclinent qu'aux tirs au but sur le score de 4-1. On retrouve un Juanfran en pleine forme en finale face à la Turquie, mais il est remplacé à 20 minutes du terme, avant de participer avec enthousiasme aux célébrations d'après match.

"La Fédération espagnole de football s'investit beaucoup dans les catégories jeunes et nous lui devons une grande partie de notre succès", explique Juanfran, promu ensuite en M21. "Ces succès sont très importants pour nos clubs et notre pays."