15 juillet, Nyon

Selon le format en tableau divisé, adopté en 2009/10, les équipes ont été placées dans la voie des champions ou dans la voie de la ligue, et les formations séparées à ce moment-là ne peuvaient ensuite plus se croiser avant la phase de poules.

Le parcours des champions comprend les 17 vainqueurs du 2e tour de qualification, ainsi que les champions des associations classées des rangs 14 à 16. Les 10 équipes les mieux classées au coefficient UEFA étaient têtes de série, alors qu'on totalisait 5 têtes de série dans la voie de la ligue, dont le chapeau comptait le club ayant terminé 3e dans le championnat de l'association membre classée 6e, ainsi que les 2es des associations classées des rangs 7 à 15 par l'UEFA.

Les boules contenant le nom des têtes de série étaient placées dans un chapeau, les non-têtes de série étant placées dans un autre chapeau. On tirait une boule de chaque chapeau et on les plaçait dans un troisième, avant de les mélanger. La première équipe tirée ensuite disputait le match aller à domicile, face à la deuxième équipe.

Voie des champions
FK Mogren (MNE)/PFC Litex Lovech (BUL) - Skonto FC (LVA)/Wisła Kraków (POL)
Maccabi Haifa FC (ISR)/FK Borac Banja Luka (BIH) - NK Maribor (SVN)/F91 Dudelange (LUX)
HJK Helsinki (FIN)/Bangor City FC (WAL) - NK Dinamo Zagreb (CRO)/Neftçi PFK (AZE)
KS Skënderbeu (ALB)/APOEL FC (CYP) - Slovan Bratislava (SVK)/FC Tobol Kostanay (KAZ)
FC København (DEN)* - Shamrock Rovers FC (IRL)/FC Flora Tallinn (EST)
KRC Genk (BEL) - FK Partizan (SRB)/FK Skendija 79 (MKD)
Rosenborg BK (NOR)/Breidablik (ISL) - FC Pyunik (ARM)/FC Viktoria Plzeň (CZE)
FC Zestafoni (GEO)/FC Dacia Chisinau (MDA) - SK Sturm Graz (AUT)/Videoton FC (HUN)
Valletta FC (MLT)/FK Ekranas (LTU) - Linfield FC (NIR)/FC BATE Borisov (BLR)
Rangers FC (SCO)* - Malmö FF (SWE)/HB Tórshavn (FRO)

Voie de la ligue
R. Standard de Liège (BEL) - FC Zürich (SUI)
FC Twente (NED)* - FC Vaslui (ROU)
SL Benfica (POR)* - Trabzonspor AŞ, (TUR)
FC Dynamo Kyiv (UKR) - FC Rubin Kazan (RUS)*
Odense BK (DEN) - Panathinaikos FC (GRE)*