Créée en 1900, l'Association de football de Malte (MFA) est l'une des fédérations les plus anciennes parmi les 204 qui existent dans le monde. Le football a été introduit dans les îles maltaises par les militaires britanniques stationnés sur place. Le premier match a été disputé en 1882, et l'organisation du premier championnat remonte à 1910.

Un autre évènement historique pour la MFA a été la création de la Coupe de Malte dans les années 30. L'Association anglaise de football (FA) a fait don de la coupe pour remercier Malte de son soutien à l'Angleterre pour sa première rencontre avec l'Italie à Rome en 1933. L'époque d'avant et après la Deuxième Guerre mondiale est encore souvent évoquée avec nostalgie : les prestigieuses équipes européennes se rendaient dans l'île pour disputer des tournois, notamment à la période de Noël, dans l'ancien stade de l'Empire de Gzira.

Au début des années 50, la MFA a commencé à promouvoir le football de jeunes, et ses équipes ont participé à leurs premières compétitions à l'étranger, comme par exemple le tournoi de Viareggio en Italie. Une autre étape a été franchie en février 1957, lorsque l'équipe nationale a disputé son premier match international contre l'Autriche. Malte s'est inclinée 3-2 devant un stade de l'Empire comble.

Malte est devenue membre de la FIFA en 1959 et a rejoint l'UEFA en 1960. Ces adhésions ont inauguré une nouvelle ère pour le football à Malte, puisqu'il était désormais possible de participer à de nombreuses compétitions différentes.

Les clubs maltais qui ont obtenu le plus de succès sont le Floriana FC, le Sliema Wanderers FC, le Valletta FC, le Hibernians FC et le Hamrun Spartans FC. Floriana et Sliema ont été les premiers à obtenir des honneurs, mais plus récemment La Valette, Hibernians, Hamrun et le Birkirkara FC se sont fait remarquer.

Malte a joué son premier match de compétition internationale contre le Danemark en Championnat d'Europe de l'UEFA en 1962. Elle a fait ses débuts en Coupe du Monde de la FIFA en disputant les qualifications pour l'édition 1974 dans le même groupe que la Hongrie, l'Autriche et la Suède. Les plus grands moments de l'équipe nationale maltaise ont été sa victoire 2-0 à domicile contre la Grèce en éliminatoires du Championnat d'Europe 1976, et sa victoire 1-0 contre l'Estonie en éliminatoires de la Coupe du Monde 1994.

D'autres évènements qui ne se sont pas produits sur le terrain sont dignes d'être rapportés. Lorsque les forces armées britanniques ont quitté l'île en 1979, la MFA a pu récupérer les terrains de football qu'elles utilisaient, et en 1981 le nouveau stade national a été ouvert à Ta'Qali.

Les élections du Dr Joseph Mifsud, président de la MFA, d'abord au sein du Comité exécutif de l'UEFA en 1994, puis au sein du Comité exécutif de la FIFA en 1998, ont été des évènements marquants de l'histoire de la fédération. La désignation du Maltais Emanuel Zammit pour arbitrer des rencontres de la Coupe du Monde 1998 et de l'UEFA EURO 2000™ a elle aussi été un grand évènement. Début 2008, le Dr Mifsud a également été nommé au poste prestigieux de vice-président de l'UEFA.

Aujourd'hui, l'équipe nationale dispose d'une structure professionnelle. Le football féminin et le futsal sont de plus en plus populaires. Une fédération du football de jeunes a été créée. Toutes ces réalisations montrent l'application et la détermination de la MFA à faire progresser le football. Les arbitres et les entraîneurs ont eux aussi leurs propres organisations.

Ces mesures ont permis à la fédération maltaise d'acquérir la confiance de l'UEFA. Malgré sa petite taille et ses ressources limitées, la MFA a été chargée de l'organisation de différents séminaires et conférences au cours des dernières années, notamment le XXe Congrès ordinaire de l'UEFA en 1990. Les applaudissements qu'elle a reçus étaient bien mérités, et ce succès administratif pourrait rapidement se traduire par des succès sur le terrain.