Historiquement, le développement du football au Kazakhstan a été étroitement lié à l'URSS puisque le pays a fait partie de l'Union soviétique de 1922 à 1991. Les clubs participaient au championnat d'URSS, et c'est le FC Kairat Almaty, club de l'ancienne capitale Almaty, qui avait le plus de succès puisqu'il finissait septième de la première division en 1986. Deux saisons plus tard, le Kairat remportait la Coupe de la Fédération de football d'URSS en battant le PFC Neftçi (Azerbaïdjan).

Durant cette période, les joueurs les plus appréciés étaient Seilda Baishakov et Yevgeny Yarovenko, tous deux du Kairat. Yarovenko remportait les Jeux Olympiques avec l'URSS en 1988. Aleksander Khapsalis, du Kairat, et Aleksander Kadeikin du FC Irtysh Pavlodar avaient, quant à eux, remporté le Tournoi international Juniors en 1976 face à la Hongrie.

Les premiers clubs du Kazakhstan ont été fondés en 1913/14 à Semipalatinsk, après que le football ait été introduit par des commerçants locaux qui avaient découvert ce sport en Angleterre. Les premières équipes (Lastochka, Orlyata, Olimp, SSK et Yarysh) venaient toutes de Semipalatinsk. Mukhtar Auezov, célèbre romancier, éthnologue et poète kazakh, a joué pour Yarysh. Plus tard, les clubs de Yastreb et Zvezdochka étaient formés à Pavlodar.

En 1928, la première compétition officielle de la République socialiste soviétique autonome du Kazakhstan (ASSR) se déroulait à Petropavlovsk. Lors des décennies suivantes, les footballeurs du Kazakhstan participaient aux compétitions de l'URSS avec des succès variés. La première instance à entreprendre le développement du football kazakh est la Fédération de football de la république socialiste soviétique du Kazakhstan, créée en 1959 et réorganisée en 1989.

Après l'indépendant en 1992, le Kazakhstan participe aux éliminatoires de la Coupe du Monde de la FIFA 1998 et 2002, en tant que membre de la Confédération de football asiatique (CFA). Il passe le premier tour face au Pakistan et à l'Irak en 1998, avant de s'incliner face au Japon, la Corée du Sud, les Émirats arabes unis et l'Ouzbékistan au deuxième tour. L'équipe nationale a également participé à deux phases qualificatives pour la Coupe d'Asie de la CFA, en 1996 et 2000. L'équipe olympique a également échoué aux portes des JO d'Atlanta et de Sydney.

Mais les performances les plus importantes de l'équipe du Kazakhstan reviennent aux moins de 20 ans, qualifiés pour la Coupe du Monde des moins de 20 ans de la FIFA en 1999 au Nigéria. L'Irtysh Pavlodar a fini quatrième du Championnat des clubs asiatiques en 2000/01 (aujourd'hui AFC Champions League). L'équipe nationale de futsal a également disputé trois Championnats de futsal de la CFA, terminant 3e en 1999 et 2e en 2000, se qualifiant ainsi pour la Coupe du Monde de futsal de la FIFA au Guatemala en 2000.

En 1992, l'Association indépendante de football de la République du Kazakhstan (FARK) a été créée à la suite de la dissolution de l'URSS. Deux ans plus tard, cette association intégrait la FIFA et la CFA. En 2000, la FARK devenait la Fédération de football du Kazakhstan (FSK). Étant donné qu'une partie du territoire du Kazakhstan se situe en Europe, la FSK quittait la CFA en 2001 pour intégrer l'UEFA 12 mois plus tard.

C'est au Congrès de l'UEFA de Stockholm, en avril 2002, que le Kazakhstan a rejoint le mouvement européen. L'équipe nationale a ensuite intégré les éliminatoires européens pour les Coupes du Monde 2006 et 2010, et pour l'UEFA EURO 2008. Lors de sa campagne pour l'EURO 2008, le Kazakhstan a enregistré dix points, battant la Serbie et l'Arménie, et faisant match nul avec la Belgique et l'Azerbaïdjan.

C'est certainement en futsal que les progrès sont les plus conséquents. Le Kairat Almaty, plus grand club du pays, a atteint quatre quarts de finale consécutifs de la Coupe UEFA de futsal, et a même pris la 3e place de l'édition 2008/09. Les M21 ont disputé le premier Championnat d'Europe de futsal des moins de 21 ans de l'UEFA en 2008 à Saint-Pétersbourg (Russie).