L'Estonie est l'un des nombreux pays qui est réapparu sur la scène européenne après l'éclatement de l'URSS. Le pays a développé progressivement - depuis 1991, date où il a retrouvé son indépendance - ses structures en matière de football. Bien que les clubs du pays et l'équipe nationale n'aient pas encore réussi à se distinguer au niveau européen, les gens sont optimistes et sont persuadés que l'Estonie franchira bientôt un nouveau palier et parviendra à rivaliser avec ses voisins lettons.

Le football est né en Estonie à la fin du XIXe siècle grâce à des marins britanniques. Le sport devenait rapidement très populaire et Narva et Tallinn se disputaient la paternité de la première rencontre disputée dans le pays. Mais, le premier match officiel s'est déroulé à Tallinn, le 6 juin 1909, entre le Meteoor and le Merkuur, les deux premiers clubs du pays.

L'Association estonienne de football (EJL) a été fondée le 14 décembre 1921, le nombre de clubs est passé à 29 et un championnat national a été créé. Plus tôt, l'Estonie avait disputé sa première rencontre internationale contre la Finlande, le 20 octobre 1920. L'Association a intégré la FIFA en 1923.

Cette première rencontre s'est soldée par une défaite 6-0 puis lors de son deuxième match, l'Estonie faisait match nul avec la Suède - en juillet 1921 - et c'est lors de son 6e match international qu'elle enregistrait sa première victoire face à la Lituanie 5-0 à Kaunas, le 24 juin 1923. Les Estoniens participaient ensuite au tournoi de football des Jeux Olympiques à Paris en 1924, ils s'inclinaient face aux Etats-Unis au premier tour.

Jusqu'en 1939, l'Estonie disputait régulièrement les tournois de football baltiques contre la Lettonie et la Lituanie et s'imposait en 1929, 1931 et 1938. L'équipe nationale participait également aux éliminatoires des Coupes du Monde de la FIFA 1934 et 1938 et enregistrait une première victoire contre la Finlande en 1937. Mais le développement du pays  prenait fin en 1940 lorsque le territoire était annexé par l'Union soviétique. Le dernier match international officiel s'est soldé par une victoire 1-0 à domicile contre la Lettonie, le 20 juillet 1940. Par la suite, l'EJL a été obligée de s'effacer.

Bien que l'Estonie n'ait pas pu rejoindre l'UEFA, lorsque l'instance dirigeante du football européen a été créée en 1954, son championnat s'est poursuivi tout au long de ses années d'isolement. L'EJL était, finalement, reformée en 1988 et en 1991 et elle reprenait ses activités au sein de la FIFA.

L'Estonie a disputé son premier match international, un peu plus d'un demi-siècle plus tard, le 3 juin 1992, elle a réalisé un nul 1-1 contre la Slovénie. La même année, le nouvel état indépendant était admis à l'UEFA et les équipes et les clubs représentants le pays pouvaient de nouveau participer aux compétitions masculines, féminines et de jeunes organisées par l'UEFA.

Le championnat national, la Meistriliiga, redémarrait en 1992, le FC Flora et le FC Levadia Maardu s'imposaient comme les meilleures équipes bien que le FC Norma ait remporté deux championnats d'affilée au début des années 90 et que le FC Lantana ait également décroché plusieurs titres de champion consécutifs.

L'Estonie s'est battue pour s'imposer au niveau international après l'indépendance mais elle a tranquillement progressé et a gagné en crédibilité lors des éliminatoires du championnat d'Europe de l'UEFA contre l'Écosse, la Croatie et la Bulgarie.

Les deux joueurs les plus célèbres du pays sont deux gardiens de but - Evald Tipner, qui évoluait au Sport Tallinn entre 1924 et 1939, et Mart Poom, un titulaire de l'équipe nationale depuis 1992, qui a quitté Flora pour s'imposer en Angleterre avant de se retirer des terrains en 2009. Martin Reim, 157 sélections, était une star locale, mais qui ne brilla qu'en Estonie. Il prit sa retraite en 2009 également, quatre ans après Marko Kristal (143 sélections).

D'autres excellents joueurs se sont imposés à l'étranger - Andres Oper, Indrek Zelinski, Urmas Rooba, Kristen Viikmäe, Raio Piiroja, Sergei Terehhov, Joel Lindpere et Marek Lemsalu en Scandinavie, Ragnar Klavan et Andres Oper aux Pays-Bas et Sergei Pareiko en Russie. Si l'on ajoute l'énorme travail qui est effectué au niveau des jeunes, l'Estonie peut être très optimiste concernant l'avenir de son football.