L'implantation du football en Azerbaïdjan remonte à 1911, grâce à des ouvriers anglais venus dans le pays après la révolution industrielle à la fin du XIXe siècle. Ce sport s'est développé dans la capitale, Bakou, ainsi que dans les villes de Tovuz et Shamkir, et a inspiré une telle passion que des arbitres neutres de la Géorgie voisine devaient souvent être sollicités pour les matches importants.

Dans les années 1920, un championnat régional était créé à Bakou, alors que les clubs azéris du FK Neftchi, FK Temp, FK Dinamo et FK Lokomotiv représentaient le pays dans plusieurs championnats soviétiques dans les années 1930. Neftçi terminait 3e du championnat soviétique en 1966, et un joueur du club de Bakou, Anatoliy Banishevskiy, brillait pour l'URSS lors de la Coupe du Monde de la FIFA en Angleterre.

Suite à la chute de l'URSS au début des années 1990, le football, comme toutes les sphères de l'activité publique en Azerbaïdjan, déclinait. Pourtant, l'indépendance allait permettre la création d'une fédération nationale et constituer un moment clé dans la formation et le développement du football en Azerbaïdjan. La Fédération de football d'Azerbaïdjan (AFFA) a été créée en 1992 et a rejoint l'UEFA deux ans plus tard. Son adhésion à l'UEFA avait un effet positif sur l'évolution du football dans le pays. La volonté de l'instance dirigeante européenne d'aider les nouvelles fédérations créées après l'effondrement du bloc soviétique permettait la création du Bureau d'assistance à l'Europe de l'Est (EEAB), qui apportait un soutien significatif aux pays en question.

Grâce à cette aide financière, technique et organisationnelle, l'Azerbaïdjan a été intégré dans la famille du football européen. Le stade Shafa de Bakou a été construit en 2001. Le FK Baki et l'Olimpik-Shuvalan PFC sont deux clubs disposant de nouveaux stades. Des stades et complexes sportifs de qualité sont en cours de construction dans des villes comme Lankaran, Imishli, Evlakh et Zagatala. L'UEFA a également subventionné plusieurs terrains synthétiques construits par l'AFFA pour les besoins du football de base.

Le point culminant de ces activités remonte à octobre 2007 lorsque le président de l'UEFA, Michel Platini, a inauguré la nouvelle Maison du football de Bakou, siège de l'AFFA, en présence du président de la FIFA Joseph S. Blatter. Les programmes d'assistance de l'UEFA et de la FIFA ont permis la construction de ce bâtiment de cinq étages. Le président de la république, M. Ilham Aliyev, a décoré M. Platini de l'Ordre de Gloire, plus haute distinction en Azerbaïdjan. L'association a depuis ouvert l'Académie de football de l'AFFA, et travaille sur le projet d'un nouveau camp de base pour l'équipe nationale à Mardakan.

En plus de cet engagement en faveur de l'amélioration des infrastructures, l'AFFA consacre beaucoup d'efforts à la formation des jeunes grâce à un programme officiel couvrant la période de 2005 à 2015. Il existe des championnats nationaux M17 et M15 impliquant des équipes de l'élite, la Premyer Liqasi, ainsi que les divisions inférieures. 80 équipes composent le championnat M13, et on projète de créer un championnat M11 équivalent, ainsi que de nombreuses écoles de football. Autres initiatives destinées au football de base : le football/futsal pour les personnes handicapées et le football de rue.

Des programmes de formation pour les arbitres et les entraîneurs sont en place et en conformité avec les critères stricts de l'UEFA. Plusieurs arbitres azéris ont été désignés pour officier lors de rencontres internationales. Le futsal est une partie où l'AFFA excelle. L'Azerbaïdjan, et Bakou en particulier, est considéré comme un berceau de ce sport depuis les années 60, et Araz Naxçivan perpétue cette tradition en disputant la Coupe UEFA de futsal.

L'équipe nationale d'Azerbaïdjan a également fait sa place au fil des campagnes de qualification au Championnat d'Europe de l'UEFA et à la Coupe du Monde de la FIFA, à commencer par l'EURO 96. Depuis une défaite 3-0 en Roumanie en septembre 1994, l'Azerbaïdjan a beaucoup progressé et enregistré des victoires importantes. Des succès face à la Suisse (Coupe du Monde 1998), la Slovaquie (Coupe du Monde 2002), la Serbie et Monténégro (UEFA EURO 2004) et la Finlande (UEFA EURO 2008) ont précédé un remarquable match nul 1-1 avec la Russie et une victoire 2-0 au Liechtenstein lors des éliminatoires pour le Mondial 2010.