Le football a fait son apparition en Albanie au début du XXe siècle lorsque des étudiants d'une mission chrétienne ont étonné les habitants de Shkoder, ville du nord du pays, en jouant à un jeu étrange. Ce sport est devenu de plus en plus populaire dans un pays alors sous l'autorité de l'Empire Ottoman.

Shkoder devient véritablement le lieu de naissance du football albanais en 1913 lorsqu'une équipe représentant la ville, Indépendance, affronte une équipe de soldats austro-hongrois. Selon des rapports, le match a duré 45 minutes chaque période, conformément aux lois du jeu. Par ailleurs, aucune autre rencontre officielle n'a eu lieu avant 1921. Ensuite, le club Vllaznia de Shkoder, formé en février 1919, rencontre des adversaires créés un an plus tard, Agimi. Vllaznia s'impose.

En raison d'une popularité grandissante du football, la Fédération albanaise de football (Federata Shqiptare e Futbollit – FSHF) est créée le 6 juin 1930. La fédération devient membre de la FIFA, l'instance dirigeante du football mondial, en 1932, et finit par rejoindre l'UEFA, la nouvelle instance dirigeante européenne, en 1954.

Malgré la diffusion du sport durant toute cette période, la situation économique difficile que traverse le pays freine les efforts faits pour créer des infrastructures viables pour les nouveaux clubs. Néanmoins, l'Albanie parvient à produire un certain nombre de joueurs talentueux qui partent à l'étranger pour continuer leur carrière. Parmi eux, on trouve Riza Lushta, Loro Boriçi et Naim Kryeziu, qui jouent en Italie, respectivement à la Juventus, à la S.S. Lazio et à l'AS Roma, entre 1940 et 1944.

Au niveau national, un championnat est mis en place en 1930 ; il comporte six équipes : le KS Skënderbeu, le KS Bashkimi Shkodran, le KS Teuta, le KS Urani Elbasan, le SK Vlora et le SK Tirana, aujourd'hui KF Tirana. La première rencontre se solde par une victoire 3-2 de Tirana sur Bashkimi. Le SK Tirana est vainqueur de la première édition et continue encore aujourd'hui, à l'instar d'équipes comme le KS Dinamo Tirana, le KS Vllaznia et le FK Partizani, à dominer le football albanais.

Dans les années qui suivent la Seconde Guerre mondiale, un nouvel ordre politique est établi avec l'introduction d'un système communiste qui a un impact positif sur le football. Le ballon rond est popularisé et ses infrastructures grandissent au fur et à mesure que le sport s'organise et se développe dans des entreprises d'État, des écoles, des villages et des villes.

L'équipe nationale d'Albanie réalise ses premiers pas le 22 septembre 1946 avec un triomphe 5-0 sur le Monténégro. Les Albanais obtiennent également un nul 1-1 à domicile face à l'Irlande du Nord de George Best et de Pat Jennings en novembre 1965, un nul qui met fin aux espoirs nord-irlandais de qualification à la Coupe du Monde de la FIFA. L'Albanie fait subir le même sort à l'Allemagne de l'Ouest après un nul 0-0 en éliminatoire du Championnat d'Europe de l'UEFA en décembre 1967.

À partir de 1991, des changements politiques et économiques cruciaux ont des répercussions importantes sur la nation en raison de la fin du système politique et économique centralisé. Les footballeurs du pays peuvent ainsi tenter leur chance dans des pays étrangers. Sulejman Demollari part pour le FC Dinamo 1948 Bucureşti en Roumanie, Rudi Vata pour l'Enosis Neon Paralimni FC à Chypre puis les Écossais du Celtic FC. La Grèce et les États des Balkans, pays voisins, sont également des destinations prisées pour les joueurs assez talentueux pour pouvoir évoluer à l'étranger.

Des changements de cette nature dans la vie d'un pays sont toujours difficiles et l'aide qu'apporte l'UEFA aux petites fédérations comme celle de la FSHF est cruciale. Les versements de solidarité de l'instance dirigeante du football européen permettent aux autorités du football albanais de mettre en place des bases plus saines pour les structures footballistiques du pays à l'avenir.

Dans les années qui suivent, les clubs albanais et la sélection nationale font leur possible pour décrocher de bons résultats au niveau européen et mondial. Les victoires contre la Russie et la Géorgie et les matches nuls contre la Suisse et la République d'Irlande, ainsi que l'invincibilité des Albanais à domicile lors des éliminatoires de l'UEFA EURO 2004™, témoignent des grands efforts qui sont faits. L'équipe nationale bat la Grèce, fraîchement couronnée championne d'Europe, 2-1 à Tirana le 4 septembre 2004 en éliminatoire de la Coupe du Monde de la FIFA. Récemment, les Albanais ont obtenu un nul 0-0 au Portugal en octobre 2008, également en éliminatoire du Mondial, et une victoire 6-1 en match amical face à Chypre en août 2009.