Les fondations du football en Croatie datent de l'ancienne République yougoslave. Sa partition a donné aux joueurs croate la possibilité de briller pour leur nation. Ce qu'ils n'ont pas manqué de faire.

Les ouvriers anglais ont importé le football dans la ville croate de Rijeka dès 1873. En outre, les marins anglais en escale au port de Zadar ont laissé au peuple croate un héritage footballistique qui allait permettre au ballon rond de marquer la côte adriatique de son empreinte.

Les premiers clubs ont été fondés à Zagreb en 1903. Néanmoins, si les clubs jouaient régulièrement dès le début du XXe siècle, ce n'est pas avant 1912 que la Croatie, alors indépendante, créait sa propre instance dirigeante pour le football, la Fédération de football de Croatie (HNS). Et ce n'est que bien plus tard que l'équipe de Croatie jouait son premier match.

Ayant fusionné avec les voisins serbes et slovènes après la Première Guerre mondiale, les grands joueurs croates du début du XXe siècle allaient jouer pour la Yougoslavie au lieu de représenter la région dans laquelle la plupart d'entre eux étaient nés.

Sur les 24 joueurs qui représentaient la Yougoslavie lors de la première Coupe du Monde de la FIFA en 1930, 12 étaient originaires de la ville croate de Split. Ils ont cependant rendu un grand service à leur nouveau pays : la Yougoslavie atteignait les demi-finales mais allait être battue par l'Uruguay, futur vainqueur du tournoi.

Ayant déclaré son indépendance au cours de la Seconde Guerre mondiale, la Croatie a joué son premier match international sous son propre nom le 2 avril 1940, battant la Suisse 4-0 en amical à Zagreb. Cependant, l'indépendance n'allait pas durer longtemps car les Nazis puis le bloc communiste prenaient le contrôle de la région. La HNS allait toutefois devenir membre de la FIFA le 16 juillet 1941.

Dans la Yougoslavie d'après-guerre, la Croatie s'est trouvée encore une fois sans équipe nationale et a eu tendance à soutenir le NK Dinamo Zagreb dans un championnat de Yougoslavie dominé par les Serbes. Le Dinamo allait connaître le succès en remportant la Coupe des villes de foires en 1962 et le titre de champion en 1982. On peut noter que ces victoires sont le fait de l'entraîneur Miroslav Blazevic, à la tête de l'équipe de Croatie durant son âge d'or dans les années 1990.

Une autre étape importante du développement du football croate a été le succès de la Yougoslavie lors du Championnat du Monde Juniors de la FIFA en 1987 au Chili. De nombreux membres de l'équipe sont ensuite devenus des stars internationales : Zvonimir Boban, Robert Prosinecki, Davor Šuker et Robert Jarni.

Suite à l'indépendance, le 9 octobre 1991, la HNS renaissait de ses cendres, et 80 ans après sa création, devenait membre de l'UEFA le 16 juin 1993 et redevenait membre de la FIFA en juillet 1992.

Eliminée en quarts de finale de son premier Championnat d'Europe de l'UEFA en 1996, l'équipe de Blazevic a atteint son apogée lors de la Coupe du Monde 1998. Après avoir été éliminée par l'Allemagne à l'EURO 96, la Croatie a pris un plaisir particulier à lui infliger une défaite 3-0 en quarts de finale, Jarni et Šuker marquant un but chacun.

La France battait les Croates de justesse en demi-finale, en gagnant 2-1 après avoir été menée au score. Grâce à la victoire lors du match pour la troisième place contre les Pays-Bas, l'équipe s'assurait la médaille de bronze alors que Šuker était meilleur buteur du tournoi.

N'étant pas parvenus à se qualifier pour l'UEFA EURO 2000 et ayant enchaîné les contre-performances lors de la phase finale de la Coupe du Monde 2002, les "golden boys" de 1998 s'en sont tous allés. Mais d'autres générations de grands techniciens leur ont succédé pour disputer l'UEFA EURO 2004, 2008 et la Coupe du Monde de la FIFA 2010.

Bernard Vukas, Vladimir Beara, Zlatko Čajkovski et Branko Zebec faisaient partie de l'équipe de la FIFA qui a joué un match commémoratif à Londres en 1953 ; Drazan Jerkovic (1962) et Šuker donc, ont terminé meilleurs buteurs d'une Coupe du Monde.

La Yougoslavie a tout de suite adopté el futsal et la Croatie a disputé ses premiers matches internationaux en 1994, battue 4-1 par l'Italie mais défaisant le japon 18-4, la Pologne 11-4 et l'Espagne 3-1. Elle se qualifiait pour les deux premiers championnats d'Europe de futsal de l'UEFA en 1999 et 2001 et pour le Coupe du Monde de la FIFA de futsal 2000 (2e tour) avant d'accueillir l'Euro 2012.