Dès la saison 2004/05, la Coupe UEFA a adpoté une toute nouvelle formule avec l'insertion d'une phase de groupes en plus des confrontations à élimination directe classiques et une finale unique.

Formule modifiée
La compétition débute par deux tours de qualification avant le premier tour à proprement parler. A ce stade, 40 équipes se qualifient pour la phase de groupes, qui comprend huit groupes de cinq équipes. Chaque équipe dispute deux matches à domicile et deux matches à l'extérieur. A la fin de cette phase, les trois premiers de chaque groupe se retrouvent au tour à élimination directe suivant, où ils sont rejoints par les huit clubs ayant fini à la troisième place des groupes de l'UEFA Champions League.

Tours à élimination directe
A ce stade, les 32 équipes s'affrontent dans une confrontation à élimination directe sur deux matches. L'équipe qui aura marqué le plus grand nombre de buts sur les deux matches se qualifie pour le tour suivant. Si ces équipes ne se départagent pas au nombre de buts marqués, celle ayant marqué le plus de buts à l'extérieur se qualifie.

Finale
La finale se joue sur un seul match.